불교는 부처님의 가르침을 믿고 따르는 종교이다. 부처님은 2,600여 년 전 인도의 북동쪽 석가족이 다스리던 조그만 부족국가인 카필라밧투에서 태자로 태어났다.
29세에 출가한 그는 6년만의 수행 끝에 35세가 되던 해 자신이 원하던 깨달음을 얻었다. 부처님을 우리말로 ‘깨달은 사람’ ‘진리에 눈뜬 사람’이라고 하는 뜻도 여기에서 비롯된 것이다.
부처님은 깨달음을 이룬 이후 45년 동안 자신의 진리를 많은 사람에게 전하였다. 그 법은 제자들에 의해 계승되었고 초기불교(初期佛敎), 부파불교(部派佛敎), 대승불교(大乘佛敎)의 시대를 겪으면서 발전하였다.

7C 중엽부터 인도사회에서 인도교로 부흥과 대승불교의 형식화가 만연되자 민중들의 욕구를 충족시키고자 밀교(密敎)가 등장하였다. 이 때부터 불교의 신앙은 밖으로 드러나지 않게 비밀의 교의와 의례를 스승이 제자에게 은밀하게 전달하여 간직하는 비밀스러운 신앙을 지니게 되었다. 이러한 내용을 중점적으로 전해주는 경전이 바로 대일경(大日經)과 금강정경(金剛頂經)이다. 이 경전들은 이 세상 속 어느 곳이나 항상 부처님이 계신다고 하는 진리의 부처님인 법신불 생각하고 기도한다면 바로 현재의 몸으로 부처가 될 수 있다는 내용을 전해주고 있다.

우리나라에 있어서 밀교는 신라시대부터 전해져 고려시대와 조선시대를 거치면서 한국불교 신앙에 크게 기여하였다. 특히 밀교는 병을 고치고, 외적을 물리치는 등 현세이익적인 신앙관에 두드러졌다.
이와 같은 초기의 단계를 거쳐 법맥이 강조되는 시기에 오면 대일경과 금강정경 등 경전의 전래가 이어지고 종파가 형성되었다. 그 후 극난극복과 민생의 안녕이라고 하는 통치이념과 일치되어 많은 도량이 개설되었다. 여기에 13C 초부터 원나라로부터 전해지기 시작한 티베트의 밀교는 육자진언을 강조하는 육자진언신앙법이 형성되었다.
14C 말에 건국한 조선은 불교를 배척하는 정책으로 일관하였다. 그 결과 고려시대 많은 영향을 미쳤던 밀교는 국가의 인위적인 통합으로 본연의 모습이 상실되어 종지와 종풍이 훼손되는 결과를 가져왔다. 그 후 한국의 밀교는 이름도 없이 전해지다가 진각종의 창종으로 인해 다시 세간에 중흥되었다.

진각성존 회당 손규상(1902-1963) 대종사는 1947년 달성군 성서면 농림촌에서 육자진언(六字眞言)을 통해 불법의 도리를 깨달았다. 대종사는 우리들의 일상적인 현상들이 모두 법신부처님이고 여기에 우리들의 동작 하나하나가 부처님의 동작이라고 생각하고 활동한다면 우리가 직접 부처님의 세계를 경험할 수 있다고 설하였다. 그것은 우리의 일상생활이 곧 법신불과 같음을 뜻하는 것으로 법신부처님의 가르침을 직접 전수받을 수 있다는 사상체계이다.

한국의 밀교를 중흥한 진각종의 역사는 첫째 참회원과 심인불교의 시대, 둘째 교법의 정립시대, 셋째 창종정신의 계승시대, 넷째 도약의 시대 등으로 구분할 수 있다.
 
이 시대는 진각성존 회당 대종사가 대각을 이룬 1947년 5월에서 심인불교건국참회원으로 교명을 정한 1951년 7월에 이르는 시기이다.
1947년 5월 대각을 이룬 대종사는 최초의 교화도량을 경북 영일군 기계면 이송정에 마련하여 진각종의 서막을 열었다. 이때 도량의 명칭을 참회원(懺悔園)이라 하였다. 그 후 1948년 8월 교명이 교화단체 참회원으로 정해졌다가 다시 1951년 심인불교건국참회원(心印佛敎建國懺悔園)으로 하였다.
이와 같이 개종 초기 종단의 방향은 도량의 도심건설과 참회와 실천의 심인불교운동을 전개하는데 주안점을 두었다. 이는 지금까지의 한국불교에서 볼 수 없었던 새로운 시도였다. 기복적인 불교에서 마음을 닦는 깨달음의 불교로 방향을 제시하면서 그 근원이 자신의 참회에 있음을 제시한 것이다.
이런 대종사의 불교관은 새로운 불교관으로 당시 불교계가 처한 현실에 대해 입체적으로 이해하고자 한 새불교 운동이었다. 그것은 기존 불교의 장·단점을 긍정적으로 수용한 뒤 그 경계를 넘는 새로운 방향을 제시하였기 때문이다. 그런 방향으로 나아갈 때 비로소 불교계의 민주적이고 자유가 보편화된 종교로 진일보 할 수 있다고 보았다.
 
이 시대는 1951년 7월 이후 진각성존 회당 대종사가 열반한 1963년 10월에 이르는 시기로 종단의 정체성과 사회적 역할이 두드러진 시대였다.
안으로는 1953년 8월 종단의 체제 완성을 위해 대한불교진각종보살회 헌법이 제정되었고, 그 해 12월 대종사의 유법에 따라 종명을 ‘진각종'으로 명명하였다. 여기에 1954년 1월 대한불교진각종보살회 유지재단을 설립하여 법적인 토대가 완성되었다.
밖으로는 1955년 4월 대구에 심인중, 고등학교를 설립하여 육영사업에 힘쓰는 한편 1958년 방콕에서 개최된 제5차 세계불교도 우의회에 참가하는 등 한국불교의 세계화에 힘썼다.
이와 같이 대종사는 종단 초기의 내실을 기하고 밖으로의 활동을 전개하면서 전국적으로 심인당을 설립하고 교화에 전념하다가 1963년 10월 16일 대중들에게 ‘옛날에는 의발(衣鉢)이요 이제는 심인법(心印法)이라'는 법을 부촉하고는 62세로 영원한 법신의 품으로 돌아갔다.
 
이 시대는 1963년 10월 진각성존 회당 대종사 열반 이후 30년이 지난 1993년 10월에 이르는 시기이다. 대종사 열반 후 새로운 집행부를 구성한 종단은 진각성존의 정신을 계승하는 사업을 다각적으로 행하였다.
먼저 종단의 정체성을 확립하는 사업을 살펴보면 먼저 종단의 근간이 되는 종헌종법이 1964년 3월 26일 제정되었고, 종단의 상징인 금강륜상은 1964년 7월 15일 제정되었다. 그리고 대종사의 유계였던 총인원의 서울 이전도 1966년 1월 지금의 통리원 자리로 옮겨졌다. 이 당시 종단 내의 제도도 많이 보완되었다. 총인원 내에 기로원(耆老院)이 부설된 것은 1969년 5월이다. 이것은 1986년 9월 대구로 신축 이전되었다.
이 시기 심인당 역시 전국적으로 많은 수가 개설되었다. 그 가운데 가장 특이한 것은 1990년 11월 미국 L.A에 해외 포교원인 불광심인당을 헌공하여 진각종 국제포교의 서막을 시작하여 진각종의 위상을 높였다.
다음으로 대종사의 유지를 받들어 교육과 사회적 실천면에서도 많은 활동이 행해졌다. 1976년 서울 진선 여자중고등학교의 개교를 시작으로 종단의 스승 교육기관인 강원이 1982년 중앙교육원으로 승격되었다. 이후 진각대학으로 개편하여 1989년 제1회 입학식을 거행되었다. 어린이 교육에 있어서도 획기적인 전환이 이루어진 시기이다. 대종사 때부터 강조해온 어린이 포교의 일환으로 종단 최초인 유치원이 1984년 3월 탑주심인당에서 개원하였다.
이 밖에도 종단 내 학술단체인 회당학회가 1992년 창립되어 대종사의 생애와 사상을 조명하기에 이르렀고, 1993년 3월 종조열반 30주년 기념으로 청정국토가꾸기운동을 전국적으로 거행하여 종조의 정신을 계승하는데 최선을 다하였다.
 
이 시대는 1993년 10월 진각성존 회당 대종사 열반 30주년 이후부터 현재에 이르는 시기이다. 대종사 열반 후 30년 동안 내적 성장에 주력한 종단은 이후 교세확장과 함께 진각종의 사회적 위상을 높이는 데 주력하였다.
내적 성숙에 관한 활동으로는 먼저 1996년 12월 17일 종헌종법이 전면 개정되어 새로운 시대에 맞는 종단의 법령을 마련하였다. 외적으로는 오래된 심인당의 개축과 함께 해외 심인당의 개설도 계속되었다. 1997년 5월 중국 흑룡강성 해동심인당의 헌공과, 1999년 10월 미국 워싱톤에 법광심인당의 개설, 그리고 캐나다 토론토에 성불심인당 개설은 진각종의 세계화에 초석이 되었다.
교육사업도 꾸준히 지속되었다. 1996년 1월 종립대학인 위덕대학교의 헌공불사가 봉행되었고 이어 3월 개교 및 제1회 입학식이 봉행되어 유치원에서 대학에 이르는 교육체계가 이루어졌다.
종단의 사회활동도 비약적으로 확대되었다. 1998년 3월 사회복지법인인 진각복지회가 설립되어 복지시설 수탁운영, 자원봉사센터 및 지부조직의 구축운영 등 초기사업에 성공하여 부처님의 자비정신을 구현하였다. 그 외에도 종단의 국제포교를 담당하는 국제불교연구소의 북한과의 교류와 2000년 7월 사단법인 비로자나 청소년 협회의 각종 문화사업과 수련사업도 청소년 포교에 발전을 가져왔다.
종단의 교법체계를 위한 학술적 성과도 크게 돋보였다. 교육원을 비롯하여 회당학회 그리고 종립대학의 연결로 회당사상과 밀교에 대한 연구 그리고 법어록의 정리와 진각의범의 정리 등 종조와 교법에 대한 연구가 진척된 시기이다. 이런 연구를 바탕으로 2002년부터 시작한 세계 각국과의 밀교관련 학술연구 및 밀교의식시연법회를 총인원에서 개최하여 종단의 사상적 연원을 탐구하는 데 크게 기여하였다.